MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermoplasmatales archaeon BRNA1

Total Repeats: 32512

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020892	AAT	2	6	66	71	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020892	GAA	3	9	136	144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933594
3	NC_020892	TCA	2	6	150	155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
4	NC_020892	TTC	2	6	168	173	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933594
5	NC_020892	AG	3	6	221	226	50 %	0 %	50 %	0 %	474933594
6	NC_020892	TCG	2	6	228	233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933594
7	NC_020892	CCCTT	2	10	244	253	0 %	40 %	0 %	60 %	474933594
8	NC_020892	CAT	2	6	274	279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
9	NC_020892	ATC	2	6	281	286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
10	NC_020892	ACCGGA	2	12	293	304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933594
11	NC_020892	GAA	2	6	332	337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933594
12	NC_020892	AAGG	2	8	340	347	50 %	0 %	50 %	0 %	474933594
13	NC_020892	CTACAT	2	12	373	384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
14	NC_020892	ACA	2	6	423	428	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	474933594
15	NC_020892	CAA	2	6	454	459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	474933594
16	NC_020892	TCA	2	6	540	545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
17	NC_020892	GATC	2	8	559	566	25 %	25 %	25 %	25 %	474933594
18	NC_020892	GAA	2	6	577	582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933594
19	NC_020892	GAC	2	6	587	592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933594
20	NC_020892	TCT	2	6	594	599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933594
21	NC_020892	ACG	2	6	608	613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933594
22	NC_020892	CAT	2	6	646	651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
23	NC_020892	CAA	2	6	661	666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	474933594
24	NC_020892	GCA	2	6	702	707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933594
25	NC_020892	GAG	2	6	716	721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933594
26	NC_020892	C	6	6	733	738	0 %	0 %	0 %	100 %	474933594
27	NC_020892	TTC	2	6	819	824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933594
28	NC_020892	TCT	2	6	880	885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933594
29	NC_020892	AGA	2	6	960	965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933594
30	NC_020892	TGA	2	6	1026	1031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933594
31	NC_020892	CAT	2	6	1033	1038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
32	NC_020892	ACG	2	6	1053	1058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933594
33	NC_020892	CAC	2	6	1069	1074	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933594
34	NC_020892	TCT	2	6	1126	1131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933594
35	NC_020892	CA	3	6	1132	1137	50 %	0 %	0 %	50 %	474933594
36	NC_020892	GGAA	2	8	1208	1215	50 %	0 %	50 %	0 %	474933594
37	NC_020892	ATC	2	6	1229	1234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933594
38	NC_020892	GAA	2	6	1312	1317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933594
39	NC_020892	ACC	2	6	1322	1327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933594
40	NC_020892	CGTT	2	8	1340	1347	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020892	AAGT	2	8	1354	1361	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020892	TCG	2	6	1431	1436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933595
43	NC_020892	GAT	2	6	1466	1471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933595
44	NC_020892	AG	3	6	1500	1505	50 %	0 %	50 %	0 %	474933595
45	NC_020892	CCAG	2	8	1564	1571	25 %	0 %	25 %	50 %	474933595
46	NC_020892	TTCC	2	8	1577	1584	0 %	50 %	0 %	50 %	474933595
47	NC_020892	TCT	2	6	1693	1698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933595
48	NC_020892	TCT	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933595
49	NC_020892	AAAGTA	2	12	1758	1769	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	474933595
50	NC_020892	AAT	2	6	1783	1788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	474933595
51	NC_020892	GTT	2	6	1796	1801	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	474933595
52	NC_020892	GA	3	6	1832	1837	50 %	0 %	50 %	0 %	474933595
53	NC_020892	ATC	2	6	1862	1867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933595
54	NC_020892	GAT	2	6	1925	1930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933595
55	NC_020892	TGC	2	6	2067	2072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933595
56	NC_020892	ACG	2	6	2088	2093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933595
57	NC_020892	AGG	2	6	2099	2104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933595
58	NC_020892	TCC	2	6	2190	2195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933595
59	NC_020892	GATT	2	8	2209	2216	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020892	GA	3	6	2267	2272	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020892	GAG	2	6	2423	2428	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933596
62	NC_020892	TG	3	6	2586	2591	0 %	50 %	50 %	0 %	474933596
63	NC_020892	TCA	2	6	2601	2606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933596
64	NC_020892	ACG	3	9	2631	2639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933596
65	NC_020892	GAC	2	6	2648	2653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933596
66	NC_020892	CCT	2	6	2665	2670	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933596
67	NC_020892	GAG	2	6	2672	2677	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933596
68	NC_020892	GA	3	6	2748	2753	50 %	0 %	50 %	0 %	474933596
69	NC_020892	GTT	2	6	2758	2763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020892	AAAG	2	8	2835	2842	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020892	AGG	2	6	2934	2939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933597
72	NC_020892	AAG	2	6	2984	2989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933597
73	NC_020892	GC	3	6	3040	3045	0 %	0 %	50 %	50 %	474933597
74	NC_020892	GCC	2	6	3056	3061	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933597
75	NC_020892	GCA	2	6	3077	3082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933597
76	NC_020892	GAG	3	9	3131	3139	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933597
77	NC_020892	GCC	3	9	3140	3148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933597
78	NC_020892	CGC	3	9	3154	3162	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933597
79	NC_020892	CTT	2	6	3225	3230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933597
80	NC_020892	GATTGT	2	12	3248	3259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	474933598
81	NC_020892	ACC	2	6	3333	3338	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933598
82	NC_020892	CGA	2	6	3341	3346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
83	NC_020892	GCT	2	6	3398	3403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
84	NC_020892	AAG	2	6	3441	3446	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933598
85	NC_020892	GC	3	6	3483	3488	0 %	0 %	50 %	50 %	474933598
86	NC_020892	TCG	2	6	3670	3675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
87	NC_020892	CAC	2	6	3677	3682	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933598
88	NC_020892	TCT	2	6	3724	3729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933598
89	NC_020892	AAGA	2	8	3741	3748	75 %	0 %	25 %	0 %	474933598
90	NC_020892	AAG	2	6	3783	3788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933598
91	NC_020892	CTC	2	6	3804	3809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933598
92	NC_020892	TCG	2	6	3823	3828	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
93	NC_020892	CGA	2	6	3983	3988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
94	NC_020892	TCCA	2	8	3996	4003	25 %	25 %	0 %	50 %	474933598
95	NC_020892	AAG	2	6	4080	4085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933598
96	NC_020892	GAC	2	6	4125	4130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
97	NC_020892	TCG	2	6	4144	4149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
98	NC_020892	GCC	2	6	4182	4187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933598
99	NC_020892	CCA	2	6	4210	4215	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933598
100	NC_020892	CCTC	2	8	4258	4265	0 %	25 %	0 %	75 %	474933598
101	NC_020892	GATC	2	8	4289	4296	25 %	25 %	25 %	25 %	474933598
102	NC_020892	TCA	2	6	4306	4311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933598
103	NC_020892	TCC	2	6	4318	4323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933598
104	NC_020892	TTC	2	6	4329	4334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933598
105	NC_020892	TCA	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933598
106	NC_020892	GC	3	6	4421	4426	0 %	0 %	50 %	50 %	474933598
107	NC_020892	TTC	3	9	4440	4448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933598
108	NC_020892	TTC	3	9	4476	4484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933598
109	NC_020892	TCG	2	6	4510	4515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
110	NC_020892	CGG	2	6	4529	4534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933598
111	NC_020892	TGGGAG	2	12	4539	4550	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	474933598
112	NC_020892	CGG	2	6	4568	4573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933598
113	NC_020892	CTC	2	6	4596	4601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933598
114	NC_020892	CAG	2	6	4625	4630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
115	NC_020892	ATG	2	6	4632	4637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933598
116	NC_020892	CGA	2	6	4646	4651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
117	NC_020892	TCGGAA	2	12	4657	4668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	474933598
118	NC_020892	TCC	2	6	4687	4692	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933598
119	NC_020892	CGG	2	6	4772	4777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933598
120	NC_020892	AGG	2	6	4780	4785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933598
121	NC_020892	GGA	2	6	4800	4805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933598
122	NC_020892	TCG	2	6	4819	4824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
123	NC_020892	TCT	3	9	4831	4839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933598
124	NC_020892	AAG	2	6	4869	4874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933598
125	NC_020892	CAT	2	6	4976	4981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933598
126	NC_020892	CAC	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933598
127	NC_020892	TCG	2	6	5125	5130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
128	NC_020892	CA	3	6	5140	5145	50 %	0 %	0 %	50 %	474933598
129	NC_020892	TCG	2	6	5149	5154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933598
130	NC_020892	TTG	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	474933598
131	NC_020892	CCG	2	6	5248	5253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933598
132	NC_020892	TGA	3	9	5287	5295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933598
133	NC_020892	ACG	2	6	5302	5307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933598
134	NC_020892	A	6	6	5364	5369	100 %	0 %	0 %	0 %	474933598
135	NC_020892	TTG	2	6	5418	5423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	474933599
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247	NC_020892	CCG	2	6	10350	10355	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933604
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249	NC_020892	TGA	2	6	10384	10389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933604
250	NC_020892	GAC	2	6	10419	10424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933604
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252	NC_020892	CTC	2	6	10533	10538	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933604
253	NC_020892	CGA	2	6	10583	10588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933604
254	NC_020892	ACC	2	6	10605	10610	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933604
255	NC_020892	AAG	2	6	10671	10676	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933604
256	NC_020892	AAG	2	6	10695	10700	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933604
257	NC_020892	TGAAGA	2	12	10800	10811	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	474933605
258	NC_020892	TCA	2	6	10821	10826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933605
259	NC_020892	TTC	2	6	10832	10837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933605
260	NC_020892	CAT	2	6	11002	11007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933605
261	NC_020892	ATG	2	6	11012	11017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933605
262	NC_020892	CGC	2	6	11146	11151	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933605
263	NC_020892	ACC	2	6	11162	11167	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	474933605
264	NC_020892	GAA	2	6	11170	11175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933605
265	NC_020892	GCT	2	6	11176	11181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933605
266	NC_020892	CT	3	6	11305	11310	0 %	50 %	0 %	50 %	474933605
267	NC_020892	GGA	2	6	11349	11354	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933606
268	NC_020892	AAG	2	6	11386	11391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933606
269	NC_020892	ATC	3	9	11413	11421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933606
270	NC_020892	CATGCT	2	12	11430	11441	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	474933606
271	NC_020892	ATC	2	6	11452	11457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933606
272	NC_020892	AACG	2	8	11473	11480	50 %	0 %	25 %	25 %	474933606
273	NC_020892	CTT	2	6	11529	11534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_020892	GT	3	6	11540	11545	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
275	NC_020892	GA	3	6	11620	11625	50 %	0 %	50 %	0 %	474933607
276	NC_020892	CGG	2	6	11637	11642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933607
277	NC_020892	GAG	2	6	11647	11652	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933607
278	NC_020892	CAA	2	6	11743	11748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	474933607
279	NC_020892	ACT	2	6	11925	11930	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933607
280	NC_020892	ATC	2	6	11960	11965	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933607
281	NC_020892	GAG	3	9	11968	11976	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933607
282	NC_020892	C	6	6	11988	11993	0 %	0 %	0 %	100 %	474933607
283	NC_020892	CAT	2	6	12034	12039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933607
284	NC_020892	AAG	2	6	12056	12061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933607
285	NC_020892	CAT	2	6	12079	12084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933607
286	NC_020892	GGA	2	6	12094	12099	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933607
287	NC_020892	CAG	2	6	12106	12111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933607
288	NC_020892	GCC	2	6	12200	12205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	474933607
289	NC_020892	CAGA	2	8	12229	12236	50 %	0 %	25 %	25 %	474933607
290	NC_020892	TCC	2	6	12336	12341	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933607
291	NC_020892	GAT	2	6	12358	12363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933607
292	NC_020892	GAC	2	6	12386	12391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933607
293	NC_020892	CAG	2	6	12392	12397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933607
294	NC_020892	CAT	3	9	12406	12414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	474933607
295	NC_020892	CGT	2	6	12424	12429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933607
296	NC_020892	CGA	2	6	12475	12480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933607
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299	NC_020892	GAC	2	6	12710	12715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933607
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301	NC_020892	GAA	2	6	12832	12837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	474933607
302	NC_020892	GAT	2	6	12925	12930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933607
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311	NC_020892	CGG	2	6	13372	13377	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933608
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317	NC_020892	ATATT	2	10	13613	13622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_020892	GGC	2	6	13644	13649	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	474933609
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320	NC_020892	GGA	2	6	13743	13748	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933609
321	NC_020892	CAA	2	6	13881	13886	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	474933609
322	NC_020892	GGA	2	6	13959	13964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	474933609
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342	NC_020892	CAG	2	6	14897	14902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933611
343	NC_020892	TAT	2	6	14918	14923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	474933611
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352	NC_020892	CATC	2	8	15322	15329	25 %	25 %	0 %	50 %	474933611
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354	NC_020892	TCC	2	6	15455	15460	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	474933611
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363	NC_020892	GGT	2	6	16125	16130	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	474933612
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367	NC_020892	GCC	2	6	16476	16481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
368	NC_020892	CTT	2	6	16499	16504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933613
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371	NC_020892	TGA	2	6	16573	16578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933613
372	NC_020892	TGT	2	6	16594	16599	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	474933613
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379	NC_020892	GAC	3	9	16718	16726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933613
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382	NC_020892	CTGT	2	8	16868	16875	0 %	50 %	25 %	25 %	474933613
383	NC_020892	GAT	2	6	16907	16912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933613
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387	NC_020892	GAT	2	6	17159	17164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933613
388	NC_020892	GAT	2	6	17186	17191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933613
389	NC_020892	GCT	2	6	17213	17218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933613
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392	NC_020892	ATG	2	6	17331	17336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	474933613
393	NC_020892	TGCG	2	8	17344	17351	0 %	25 %	50 %	25 %	474933613
394	NC_020892	CT	3	6	17444	17449	0 %	50 %	0 %	50 %	474933613
395	NC_020892	TGT	3	9	17487	17495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
396	NC_020892	TCT	3	9	17598	17606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	474933614
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499	NC_020892	TCG	2	6	21850	21855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	474933617
500	NC_020892	ACG	2	6	21911	21916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	474933617

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